O presidente da UNIÃO SUL é eleito por uma assembleia de delegados representativos de todas as associações e igrejas de seu território para um mandato de três anos, podendo ser reeleito apenas uma vez, por limitação estatutária.

O presidente da UNIÃO SUL é o líder espiritual e administrativo da organização, apoiado e auxiliado pelos demais oficiais que respondem pelos departamentos, além de ser seu representante jurídico diante das autoridades constituídas. Compete a ele convocar e dirigir as reuniões do Conselho Deliberativo, do Conselho Ministerial, das Assembleias das associações e de outros órgãos administrativos.

Ao presidente da UNIÃO SUL está confiada a responsabilidade de supervisionar as associações e igrejas locais no cumprimento dos objetivos propostos.

Acima de tudo, o presidente deve promover em seus atos administrativos a pregação do Evangelho e zelar pelos princípios da Palavra de Deus.

Desde 1930, quando foi fundada e organizada, a UNIÃO SUL teve 38 assembleias ordinárias sendo que para o atual período administrativo (2019 a 2021) tem o 19° presidente de sua história.